南通大学设有20个学院、1个独立学院（杏林学院）、1家直属大型综合三级甲等医院（南通大学附属医院）和国际教育学院、继续教育学院。拥有基础医学、临床医学、信息与通信工程3个博士后流动站，基础医学、临床医学、信息与通信工程3个一级学科博士点，22个一级学科硕士点，10个硕士专业学位点。临床医学、神经科学与行为学、工程学、药理学与毒理学、生物学与生物化学等5个学科进入ESI学科全球排名前1%。拥有江苏高校优势学科2个、江苏省重点学科8个、江苏省临床医学重点专科26个。
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